Memberdayakan dan melibatkan masyarakat dalam upaya mengatasi permasalahan yang dihadapi masyarakat secara kolektif. Program Pengorganisasian masyarakat terbagi dalam 3 divisi.
Divisi Anak-Remaja
A. Sasaran anak usia 4-6 tahun melalui peningkatan kecakapan hidup untuk mencegah kekerasan pada anak
B. Sasaran remaja 10-24 tahun melalui Youth Center baik di tingkat daerah maupun cabang melalui: edukasi, informasi, konseling dan layanan serta riset dan advokasi
Divisi Kelompok Marjinal
Fokus pada pemenuhan hak kesehatan seksual dan reproduksi bagi kelompok rentan/marginal seperti LGBT, Penasun, Pekerja Seks, Pengungsi, Kelompok Miskin dan Kelompok di Situasi Bencana
Divisi Masyarakat Umum
Fokus pemenuhan hak kesehatan seksual dan reproduksi bagi seluruh lapisan masyarakat (Perempuan usia subur, Lansia, dsb)